我在Apple英文论坛里找到了一个临时解决方案，翻译如下：
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解决方案已找到
首先，100% 确认这是macOS Sequoia的一个漏洞。经过无数个小时的自行研究，我找到了解决方案，这要归功于Reddit用户r/TheGreyAsteroid的工作。对于高级用户，可以通过终端操作。对于普通用户，需要注意的是，有些文件夹被隐藏起来，以防止你修复苹果未修复的问题。按下Command+Shift+点号可以显示隐藏文件夹。重启后，它们会再次被隐藏。
1. 设置你的Mission Control鼠标快捷键如常。
2. 转到~/Library/Containers/com.apple.Desktop-Settings.extension/Data/Library/Preferences文件夹。
3. 复制com.apple.symbolichotkeys.plist文件。
4. 转到~/Library/Preferences
5. 粘贴com.apple.symbolichotkeys.plist文件。覆盖之前的文件。
这个漏洞是macOS核心似乎直接将快捷键偏好设置保存到第4步的文件夹中，但它应该同时保存到第2步和第4步的文件夹中。
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看起来是一个 MacOS 的 bug。经过我实测以上操作并重启之后，之前设置的键盘快捷键会重置，重新改回来就好。
还有就是 usb 设备可能需要重新插拔一下。
希望这个 bug 早日修复。
原文链接
MacOS mouse shortcuts are reset upon rest… - Apple Community